文脈的に「今まで1ヶ月も掃除してなかったから、ある地点の部屋が散らかっていたんだ。」みたいになりませんか？
⇒ ちょっと違います。
「ある時点でサムの部屋が散らかっていたんだ」(＝過去形)。そしてその理由は「今まで」ではなく「その時(＝サムの部屋がとても散らかっていた時)まで1ヶ月も掃除してなかった」(過去完了形：継続)の順序で説明しているのです。
参考にしてください。
まず、英語の時制の確認です。
時制の流れ：過去完了形(大過去) → 過去形 → 現在(完了)形 → 未来(完了)形
①サムの部屋が散らかっていた。＝ Sam's room was(過去形) messy.
②その理由は、散らかっている状態が起こる前、即ち「過去よりも前に1か月以上も掃除をしていなかった」からなので、過去よりも前の時制＝「過去完了形」を使わなければいけないということになります。
如何でしょうか？
それはどうしてそう言えるのですか？