回答

50円玉3枚と100円玉4枚だと、たとえば150円払うときに、50円玉3枚でもいいし、100円玉1枚と50円玉1枚でもいいので、重複ができてしまいます。
この問題は支払える金額が何通りかを聞かれているので、どの硬貨を何枚使うかは考えなくていいんです。逆に考えてしまうと答えよりも多くなってしまいます。
100円玉を全て50円玉で両替しても、支払える金額のパターンは変わりませんので、重複がうまれずミスが起こりません。
※50円玉を100円玉(小さい金額を大きい金額)に両替するのは基本的にNGです。
例えば、50円玉が4枚あったときに、それを100円玉2枚に両替してしまうと、
50,100,150,200円の4通り支払えたものが、100,200円の2通りしか払えなくなってしまうからです。
(この問題では大丈夫ですが...)

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100円支払うのに、50円2枚でも支払えるし、100円1枚でもを支払えるので、50円に統一して数えたんだと思います。
ちなみに、50円2枚を100円に置き換えても、計算できますよ。
10円2枚の使い方… 0枚、1枚、2枚の3通り
50円1枚の使い方… 0枚、1枚の2通り
100円5枚の使い方… 0枚、1枚、2枚、3枚、4枚、5枚の6通り
よって、3×2×6=36 通り
全てが0枚のときは支払えないから、この1通りを引く。
36 - 1 =35 通り

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