好きな方とか覚えやすい方を選ぶのがいいかと。あとは、既に両方の授業を受けているなら、志望校の問題を見てみて決めるのもありかと思います。(例えば、日本史でいうと、文化史(質問者様がどうかは不明ですが、自分の周りでは多くの人が苦手意識を持ってました。)なんかが含まれるなら避けるという手もあります。)あと大事なのは志望校で使える科目かどうか。
最後に人に聞いた話ですが、地理(自分は選択してません。)は暗記量は少なく思考力(理科に近いらしい)が必要だそうです。ただ、ある程度で平均は取れても、高得点が難しく安定しないという話もあります。対して、日本史(自分は日本史選択でした。)は暗記量は多く、言葉の暗記に加え時間軸での理解も必要です。自分の場合、日本史の点数は割と安定してました。
得点についてはセンター(共通テスト)の話です。
