仲が悪いというよりかは、
オランダの反日感情が"未だに強い"ということだと思います。
第二次戦で、オランダの植民地であるインドネシアを日本が奪い取ったのが、反日感情の大きな原因となっていて、
また、蘭日間での貿易の貿易赤字や、
オランダ含むヨーロッパにある数々の国の"アジア人に対する人種差別"という根本的なの部分も相俟って、反日感情がより強いものになっているのだと考えられます。
江戸時代の睦まじい交流を思うと、なんだか悲しい気分になりますね。。。
もしかしたら、国民同士がそれぞれの国が好きでも、今までの「国」としてのあまりよろしくなかった関係の流れで(戦争や…云々)、日本、オランダ含む世界各国の「国」での「日本とオランダは…」という一つの方程式としての固定観念やイメージで、今に至ってるのかもしれませんね。
でもネットとかではあまり差別受けたりもしないし、逆に歓迎されることが多いってあるんですよ...
それに向こうに行ったことがある友達が「やっぱり良いところだったよ。良い人達ばっかりだったしね。」と言っていたんです...