in which the Bible was writtenの部分は、直前のthe ancient civilizationを修飾する形容詞節です。
(in whichの直前のthe ancient civilizationが先行詞)
だから
in which the Bible was written であるthe ancient civilization
っていう訳し方をしないとダメだと思います。
カンマなしの関係詞のまとまりは、先行詞にかかるように訳す。
関係詞のしくみ上、which もthe ancient civilizationを指すことになるので、それも踏まえて直訳すると
聖書が(古代文明において)書かれた、古代文明
となります。
( )部分はin whichにあたるんですが、「古代文明」が2回かぶりますね。だから( )部分は削除しちゃいましょう。そうすると
聖書が書かれた古代文明
超絶シンプルな訳ですが問題ありません。
日本語的にもおかしくないし。
ただしinのニュアンス「において」も完全に消えちゃうので、模範解答の役はwhich(古代文明)だけをうまく消して、inの意味合いを残すために「舞台となった」といううまーい日本語を使ってるんです。