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> ①〈前置詞+関係代名詞〉は〈関係副詞〉に置き換えることができたかと思うのですが、
これは逆です。
関係副詞を前置詞+関係代名詞に直す のはできます。
前置詞+関係代名詞を関係副詞に直す のは先行詞の意味によります。
前置詞+関係代名詞で表すもののうち、
先行詞が時・場所・理由（reason）・方法/様子（way）
の場合に限って
前置詞+関係代名詞を関係副詞に置き換えることができます。
「時・場所・理由（reason）・方法/様子（way）」以外は、前置詞+関係代名詞を使うしかありません。
だから関係副詞は前置詞+関係代名詞に直せると考えていいけど、その逆は先行詞を見て判断するしかないです。
ここでの先行詞はcreaturesですから、関係副詞には直せませんね。
>②関係代名詞で繋げる前の文（赤線部）の訳（特にforのはたらきと訳し方）について教えてください！
日本語に訳出しにくいニュアンスですね。
もともと2文を1文に繋げる前提で作られた文ですから、
分解すると意味を成さなくなる面がありますし、なかなか直訳しにくいのですが
「我々は、生物 にとっての/に適用される/（のための） 完全なゲノム配列を復元することができる」
という感じでしょうか
ゲノム配列は一つ一つの生き物によって違いますよね
ある生物のゲノム配列は完全に復元できるし、別の生物のゲノム配列は復元できない
creatures for which〜 は
完全に復元できるゲノム配列が適用される生物
ということです。
画像を参考にしてください。
自分は3の意味合いで捉えました。
訳だけなら2もいけるかなとも思いましたが、遺伝子の構成って意図的にこの生物はこれ、って決められるものでないので、意味を考えると違う気がしました。一応訳には（のための）として載せましたが。
詳しい解答ありがとうございます。
てっきり勘違いしておりました！
助かりました〜。