itは 文の中の特定してる語を指しますがthatは文全体を指すのに使われます。
例えば、
I bought a new jacket. It is really nice. の場合、itが指しているものはジャケットのみ。
つまりジャケットが素敵だという意味です。
これに対して、
I bought a new jacket. That is really nice. であれば、文全体を指し、私がジャケットを買ったことが素晴らしい。という意味です。
この文では文全体ではなくhappinessを指してるので、itで表します。