(1) การขยายตัวของอาณาจักรอยุธยาทำให้เกิดความซับซ้อนมากยิ่งขึ้น จึงต้องมีการปรับโครงสร้าง อำนาจหน้าที่ ทำให้มีระบบราชการแบบใหม่เพื่อปรับตัวเข้ากับสถานการณ์ใหม่
(2) การขยายอาณาเขตและการรบกับอาณาจักรล้านนา จึงจำเป็นต้องมีการปรับการบริหารใหม่ที่เหมาะสม
(3) เพื่อปกครองราชอาณาจักรที่ใหญ่ขึ้น จำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องสร้างอำนาจให้ปึกแผ่นมั่นคง จึงจำเป็นต้องปฏิรูปการเมือง การบริหารและสังคม เพื่อควบคุมกำลังคนซึ่งเป็นรากฐานของระบบเศรษฐกิจ การเมือง การทหาร และมุ่งเพิ่มพูนอำนาจในการาควบคุมกำลังคนของรัฐให้สูงสุด
(4) การปฏิรูปสังคมโดยการสร้างระบบศักดินาและไพร่ เพื่อเป็นเครื่องมือในการสร้างความสัมพันธ์ทางชนชั้นในสังคมไทย
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถจึงได้ปฏิรูปการปกครองแผ่นดินให้มีประสิทธิภาพมากขึ้นกว่าเดิม โดยใช้หลัก 3 ประการ ได้แก่ การรวมอำนาจเข้าสู่ส่วนกลาง การแบ่งแยกอำนาจหน้าที่และหลักการถ่วงดุลอำนาจ[7] ซึ่งมีรายละเอียดดังนี้ คือ
1.การรวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลาง
จากเดิมที่การปกครองหัวเมืองยังไม่มีการรวมศูนย์อำนาจหรือปกครองแบบหลวมๆ มีเพียงเมืองลูกหลวงและเมืองบริวารของเมืองลูกหลวงเท่านั้น แต่การที่ราชอาณาจักรอยุธยาแผ่ขยายอาณาเขตออกไปมากขึ้นโดยเฉพาะการควบอาณาจักรสุโขทัยเข้ามาเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรอยุธยาใน พ.ศ.1981 ภายหลังพระมหาธรรมราชาที่ 4 แห่งสุโขทัยเสด็จสวรรคต สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงขึ้นไปเรียกร้องสิทธิในราชบัลลังก์โดยอ้างถึงการสืบพระราชวงศ์ทางสายมารดา[8] การปกครองอาณาจักรที่ใหญ่ยิ่งขึ้น จำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องสร้างอำนาจให้ปึกแผ่นมั่นคง จึงต้องมีการปฏิรูปการปกครอง เพื่อยึดโยงความสัมพันธ์ระหว่างราชธานีกับหัวเมืองต่างๆ การควบคุมกำลังคนและการสร้างอำนาจในทางเศรษฐกิจ โดยแบ่งหัวเมืองออกเป็นหัวเมืองชั้นในและหัวเมืองชั้นนอกหรือเมืองพระยามหานคร
(1) หัวเมืองชั้นใน ทรงลดฐานะเมืองลูกหลวงลงมาเป็นเมืองชั้นจัตวา อยู่ภายใต้การปกครองของราชธานี จะส่งขุนนางที่เรียกว่า “ผู้รั้ง”ออกไปปกครอง ขึ้นตรงต่อเมืองหลวง โดยหัวเมืองชั้นในมีดังนี้
ทิศเหนือถึงเมืองชัยนาท
ทิศตะวันออกถึงเมืองปราจีนบุรี
ทิศตะวันตกถึงเมืองสุพรรณบุรี
ทิศใต้ถึงเมืองกุยบุรี
(2) หัวเมืองชั้นนอก หรือเมืองพระยามหานคร อยู่ถัดจากเขตหัวเมืองชั้นในออกไป โดยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงผนวกหัวเมืองประเทศราชในสมัยอยุธยาตอนต้น ได้แก่ สุโขทัย นครศรีธรรมราช เข้ามาเป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรอยุธยา หัวเมืองชั้นนอกจะแบ่งออกเป็น หัวเมืองชั้นเอก ชั้นโทและชั้นตรี ตามขนาดและความสำคัญของหัวเมือง หัวเมืองชั้นนอกที่สำคัญได้แก่ เมืองพิษณุโลก นครศรีธรรมราช หัวเมืองพระรายามหานครอื่นๆได้แก่ เมืองศรีสัชนาลัย กำแพงเพชร
ผู้ปกครองหรือเจ้าเมือง ราชธานีจะส่งเจ้านายหรือขุนนางจากส่วนกลางไปปกครอง เจ้าเมืองจะมีอิสระในการปกครองมากพอสมควรแต่ต้องอยู่ในความควบคุมของเมืองหลวงและใช้กฎหมายจากส่วนกลางในการปกครอง
ในการรวมศูนย์อำนาจ สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงสร้างเครื่องมือในการสร้างความสัมพันธ์ทางชนชั้นในสังคมไทยโดยสร้างระบบศักดินา ซึ่งเป็นการกำหนดสถานะของบุคคลให้สังคมไทยเพื่อให้สะดวกต่อการควบคุมกำลังคน และยังทำให้เกิดการจัดระบบความสัมพันธ์ระหว่างบุคคลในสังคมที่มีฐานะแตกต่างกันด้วย เช่น แบ่งคนออกเป็นชนชั้นปกครอง ได้แก่ เจ้านาย ขุนนาง และชนชั้นผู้ถูกปกครอง ได้แก่ ไพร่ ทาส
ปรับปรุงระบบกฎหมาย ซึ่งเป็นรากฐานของระบบศักดินาของอยุธยา คือการประกาศใช้กฎมณเฑียรบาล พระไอยการตำแหน่งนาพลเรือน พระไอยการตำแหน่งนาทหารหัวเมือง ซึ่งกฎหมายเหล่านี้กำหนดให้เจ้า ขุนนาง พระสงฆ์ ราษฎร(ไพร่-ทาส) ต้องมีศักดินา 5-1000,000 ไร่[9]
2.การแบ่งแยกอำนาจหน้าที่
จากเดิมที่การบริหารราชการแบ่งออกเป็น 4 ฝ่ายที่เรียกว่าจตุสดมภ์ สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ทรงตราพระไอยการตำแหน่งนาทหารและนาพลเรือน แบ่งหน้าที่ฝ่ายพลเรือนและฝ่ายทหาร มีอัครมหาเสนาบดี 2 ตำแหน่ง คือ
สมุหพระกลาโหม เป็นอัครมหาเสนาบดีว่าราชการฝ่ายทหารทั้งในราชธานีและหัวเมืองต่างๆ ควบคุมไพร่พลที่เป็นกรมฝ่ายทหาร
สมุหนายก เป็นอัครมหาเสนาบดี ว่าราชการฝ่ายพลเรือน
และทรงปรับปรุงจตุสดมภ์พร้อมเปลี่ยนชื่อจากเวียง วัง คลัง นา เป็น
กรมนครบาล มีหน้าที่ปกครองท้องที่ ปราบปรามโจรผู้ร้าย รักษาความสงบเรียบร้อยภายใน รวมทั้งพิจารณาคดีความที่เป็นมหันตโทษ
กรมธรรมาธิกรณ์ มีหน้าที่รับผิดชอบงานในราชสำนักและงานยุติธรรม รับผิดชอบงานยกกระบัตรในหัวเมืองต่างๆ และดูและกรมที่ขึ้นกับกระทรวง วัง เช่น กรมชาวที่ กรมภูษามาลา เป็นต้น
กรมโกษาธิบดี ทำหน้าที่รับผิดชอบเก็บจ่าย รักษาพระราชทรัพย์ที่ได้จากภาษีอากร รับผิดชอบการค้าสำเภาของพระมหากษัตริย์ และดูแลกรมพระคลังสินค้า กรมท่าซ้ายและกรมท่าขวา
กรมเกษตราธิการ ทำหน้าที่ตรวจตราและส่งเสริมการทำนา การเก็บหางข้าว ออกโฉนดที่นา จัดซื้อข้าวขึ้นฉางหลวง
3.การถ่วงดุลอำนาจ
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถแยกอำนาจโดยให้สมุหพระกลาโหมคุมอำนาจทหารและสมุหนายกคุมอำนาจพลเรือน ผลของการปฏิรูปที่แยกอำนาจของฝ่ายทหารและพลเรือนออกจากกันจึงเป็นการถ่วงดุลอำนาจ และทำให้พระมหากษัตริย์เป็นศูนย์กลางแห่งอำนาจ
