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まず一つ目のMissについてですが、運動方程式に登場する「質量」「加速度」「力」の対象となる物体は全て統一する必要があります。
つまり質量をM+mとしたならば、その時点で注目する物体はAとB全体になるので、AとB全体の加速度、AとB全体の力で運動方程式をつくる必要があります。
しかし今回の場合は、AとBは違う運動をしている(加速度の大きさが違う)ので、特に加速度の項が煩雑になります(不可能とは言いきれませんが、少なくとも私は解けません)。
2つの物体の運動が同じでないなら、運動方程式を2つ作る方が楽だし、理にかなっています。
2つ目のMissも同じようなもので、AのBに対する移動距離をl=v0t+(1/2)at^2を使って求めたいなら、加速度aには途中で求めた相対加速度を代入して求めないといけません。
基本的に、運動方程式を立てる際に求める加速度は地面から見た加速度です(系全体が一定の加速度で動いている、などの条件があるときは別)。
添付の写真に流れを載せておきます。
丁寧にありがとうございます😭
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ちなみにいうと、2つの物体の運動が同じ場合は、写真のように台車の上に荷物(おもり)を載せて動かしている時と「台車」と「荷物(おもり)」は地面から見て同じ運動をしています。あとは、綱引きやウエイトリフティングを想像すると分かりやすいかもしれません。