1に関しては、地鎮祭に関しては習慣として行われているものであり、宗教色が強く自治体が特定の宗教を贔屓していると判断するに足りないとしたからで、玉串料に関しては特定の宗教を贔屓しているとされたから。
2に関しては、『政教分離の原則』に反するのではないかとされているから
3に関しては、原告側が敗訴してると思いますよ。
プログラム規定説というのは、『最低限の生活を保障する金額というものは具体的に定義できず、あくまで政府の努力目標にしか過ぎない。しかし、政府はこの最低限の生活を保障する金額については上げていく必要がある。』としたもので、原告側が主張した最低限の生活を送る上で足りないというものを否定した。
1・2に関しては『政教分離の原則』がポイントで、3に関しては『プログラム規定説』の内容がポイントになると思います。