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分離は物理的な操作(化学変化ではなく、状態変化などの物理変化)で物質を分けるときに使います。中学では、蒸留やろ過、再結晶などを習うと思います。
電離は、電解質が水に溶けて陽イオンと陰イオンに分かれることをいいます。化学的な現象です。
例えば、水に塩化水素を溶かすとH+とCl-に電離します。
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