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pKaが高いということは、酸性度が小さいとも言い替えられますね。酸性度は共役塩基の安定性が大きい方が大きくなるのです。メタンの共役塩基CH3-とアンモニアの共役塩基NH2-であれば、Nの方が電気陰性度が大きいので、負電荷がのっているのは不安定でありますが、どちらかというとアンモニアの共役塩基の方が安定です。そのためアンモニアの酸性度が高い、つまりpKaが小さいのです。また別の考え方としては、どちらも中心原子はsp3混成軌道を形成していますが、Nの方が電気陰性度が大きいので水素との共有電子対を中心側に引き付け、それによってメタンに比べて(脱プロトン化は起こりにくいですが)脱プロトン化しやすいのではないでしょうか。
ありがとうございます!わかりました!