全然別物なので違いというか、それぞれを説明します。
目的語というのは、動詞の後ろにおいて、動詞の意味を支える単語で、「名詞」(代名詞も含めて)のみがなることができます。
例えばI like.という文は文として不成立で、「私は好きです」といっても「何をやねん！」となりますよね。likeという動詞はlike dogsのように、後ろに名詞を伴わないと使えません。このように動詞の「他」に「~を」という対象を表す名詞がないと使えない「動詞」を他動詞といい、runのように動詞単品(「自」分だけ)でも意味をなす「動詞」を自動詞といいます。
だから、他動詞ならV+OになるのでSVOの3文型だし、自動詞ならVだけでOKなのでSVの1文型になります。
修飾語Mはただの飾りなので、文の骨格(文型)には影響しません。逆にいえば、文型を知りたいなら省く必要があります。
I <sometimes> study (at the city library) (before lunch).
という文はほとんどが飾りで、基本骨格となっているのはI study.なのでS+Vの第一文型です。
前置詞+名詞のセットは、形容詞や副詞の塊となりますが、文型には影響しないただの飾りMなので、例えばHe is running in the park.という文をin the parkがOのSVOの3文型だなんていうのはありえません。
