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〜 was found to be embedded の to be が省略されてるのかと思います！また、inから後で、どこでembedded されていたのかを説明していると予想します。
そうすると、formed が修飾しているのはすぐ前の「rocks」とまず予想。そうなると、which is/was の省略がここでもされていることになります！
今embedを調べてみましたが、埋め込むなどの意味があるそうで、Pakicetusは石に埋められていたっていうことになります。訳も通りそうですね^_^
こんな感じで省略されてるものがあるか（突然p.p.の形が出てきたときはとくに！）考えて見てください、さらに長文になると結構な頻度で省略します、
お力になれたら嬉しいです！わかりづらかったらすみません！
ご親切にありがとうございます、、！！！！ とってもとってもわかりやすいです！！！！！ 嬉しいです。 理解出来ました。 本当にありがとうございます。