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in じゃなくて withだと思います！
僕がwithだと思った理由は2つです。
まず前置詞の意味を考えると、withとしたほうが「互いに干渉する(干渉し合う)」という意味が出てinより適切だと思ったからです。
もう一つはネイティブがこの文脈でどちらを使うか調べたところinterfere withが圧倒的に多かったからです。(例えば、ネイティブは What happens when waves interfere with each other？と使っていました。)
熟語帳が絶対的に正しいということはないので、疑問に思ったらgoogleで例文等検索してみるのがいいと思います。
それが僕の持っている熟語帳だと
interfere with 邪魔をする
interfere in 干渉する
となっているんですよ
でもGoogle翻訳だとwithですし、よく分からないんですよね…
なんでwithだと思ったんですか？