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had lived はおかしいです
例文は、before he came to France のような表現があれば、過去完了で表せます
My father had lived in Holland for five years before he came to France.
「父はフランスに来る前にオランダに5年間住んでいました。」
「フランスに来た(過去)」(過去のある時)を基準に、(それより前の過去の時)「5年間オランダに住んでいた(過去完了)」
理由
過去完了は、「過去のある時」を基準に「それよりも前の過去の時」を話題にします
例文には過去完了形を使うための基準になる「過去のある時」がありませんから、過去完了では時制が合わないです