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どちらもいくつかの使い方があります。
特に過去完了形は一概には言えませんが、その訳だったら「継続」の用法ですかね。
違いがはっきりするように丁寧に訳し分けてみると
過去進行形は「〜しているところだった」
あるタイミングにおいて、その動作が継続中だった
ということです。
過去完了形は「継続」の用法でいうと
「（過去のある時点よりさらに昔から）ずっと〜してきた」
過去のあるタイミングにおいて、それより昔からある行為を積み重ねてきて、その時点に至った
ということです。
例えば「父は高校卒業後、30年同じ職場で働いていた/働いてきた」みたいな感じで、
過去からある行動を継続していることを強調して言うような感じです。
