ちょっと自分も混乱してるんですけど
このthanの先行詞は
the acceptance was much less trustworthy
という主節全体なんじゃないでしょうか
imagineはthat節を目的語に取る動詞で
than had been imaginedは
受動態だから、
つまり(that)節が主語になっている状態なんですよね
いまthanは
主格の(擬似)関係代名詞で、
先行詞は had been imaginedの主語になります。
the acceptance was (actually) little trustworthy
[That the acceptance was litte trustworthy] had been imagined
この二つの文を関係代名詞thanで結んで
thanだからlitteがlessになって、それを強調するmuchがついたんじゃなかろうかと思うのですが