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as is always the case with は ~いつものことだが、ありがちなことだが というよく使われる慣用句フレーズです。
もしこのフレーズを覚えていなかったとしても、まず、疑問符がついていないのでWhatとWhyは排除されるとして、That を選んだとすると、
That is always the case with any rules と言えなくもないですが、そうするとこれでひとつの完全な文章になっていますので、
その後ろに ,there is an exception. といきなりカンマから始まる文章がついてくるのが説明できませんね。なのでThat も排除できます。
ご丁寧にありがとうございます!