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Cl2は分子、Clは原子です。
ただ、Clだけならそうなります。
が、例えば、
NaClとかHClとかになると話が違います。
金属+非金属のNaClでは、ClはCl-のイオンになってます。
CaCl2とかだと2がつきますが、これもCl-が二つついたイオンになります。アルミニウムだとAlCl3とかもあります
HClは塩化水素ならば、非金属+非金属で分子なんですが、Clが1つしかつきません。
また、HClが塩酸なら、H+とCl-で水に溶けてます。
だから、2がつく場合とは、塩素のCl記号だけで考えるのか、化合物まで考えるのかで違います。
一応、質問に対する回答は、最初の2行だけで良いのかな?