直接法過去です。ifを用いた直接法は過去、現在、未来のどの時制でも使えます。(未来の場合if節のみ現在形になります。)
話し手が現在の事実と反すると判断したことは仮定法過去、話し手が過去に起こったかどうか知らない、起こったかもしれないし起こらなかったかもしれないことは直接法過去で表します。
訳は「彼らがこの要請に従わなかったのなら、2016年の9月までに象の展示を止めなければならなかった。」です。文脈があるので細かい訳は違うかも知れませんが…。
話し手は彼らが要請に従ったかどうか知らないのです。