秀吉がバテレン追放令を発したのにはいくつか理由があります。
①キリスト教に入信することを強制した領主がいたということです。
有名なのが有馬氏や大村氏です。キリスト教を発展させるために神社仏閣を破壊するものも多かったみたいです。
②一向一揆のようにキリスト教徒が蜂起するのを防ぐためです。
③人身売買をやめさせるためです。
九州地方の領主だった大村純忠は1つめで説明したようにキリスト教の改宗を推めていましたが、改宗しなかったものたちを海外に売り飛ばしていました。秀吉はそのことが起因してキリスト教国の植民地になるかもしれないと恐れたのです。