画像2枚目のイメージで合っています。
同じパターンの例文を辞書で見つけましたので引用します。
(ウィズダム英和辞典第3版 sinceの項にありました。)
Ann didn't recognize me at first. It had been five years since we had met at a party.
アンは最初私が誰だかわからなかった。パーティーで出会ってから5年が経っていた。
過去完了の大過去の用法より昔のことを表わす述語動詞の形というのはありませんので、主節従属節ともに過去完了ということも起こりうるのだと思います。時間経過の構文ということと、接続詞が起点のsinceなので、できごとの順序はそういうところから把握もできるでしょうし、前の文が過去形になっているというのが一番理解に役立っているといえるでしょう。
基準となるところが過去形で示されないと、過去完了(大過去)というのは把握しにくいと思うので、2文になってもいいから例文はわかりやすくしてもらいたいところですね。
蛇足ですが、調べて見つけた例文、物語(小説、映画等)で登場人物が過去を回想して語るセリフのように思えてきます。