by what signをまず消して考えよ。惑わされるよねぇ。
これ疑問文だから、単純に主語とbe動詞がひっくり返っただけよ!
S is signified
Is S signified?
これにby 〜が続く。前置詞だから。
1, A Japanese flag is signified by the sun.
日本の国旗は 示される 太陽によって
2 →Is [a Japanese flag] signified by the sun? こんな感じで。
S
ただ今回は、何で示しているかわからないので、
3 Is [a Japanese flag] signified by what sign?となり、
S
whatは前にいなきゃならないから、
4 By what sign is [a Japanese flag] signified?
とあまり馴染みのない文になっとるわけです。