このときのsoは100%あなたの(意見や親切等)には賛成ではない (yesとは言い切れない)けれども、それに対して反論や強固に反対する理由もない(noとも言い切れない)場合に、相手の言っていることをおうむ返しするようなニュアンスを含むときに用いられるsoです。
従って、I think so.のsoと同じ意味のsoです。
イメージを膨らませるために例文を載せておきます。
ケン: 今日雨降ると思う？
自分:I think so.(そう思うよ。 )
なので、to say so部分はそう言って〜っていう意味となります。
You're very kind→〜してくれるとは、あなたは親切ね。→親切心には感謝が生まれる。→〜してくれて、ありがとう。
まとめると、
You're very kind to say so. そう言っていただきありがとう。(少し皮肉めいたニュアンスでもあると思います。)となります。
