全体の構造を確認すると
The clearest evidence for the role of color in sexual attraction among butterflies ここまで主語
comes from〜 動詞+前置詞句
fromの中身が
studies of species [in which males and females have distinctly different appearances.]
です。
[ ]は前置詞+関係詞の節で
先行詞はspeciesです。studiesではありません。
[ ]を元に戻すと
males and females have distinctly different appearances in species
種の中で、オスとメスが明確に違った見た目を持っている
と言っています。
関係代名詞を中学で習うときって
これは(その)本です
This is the book
私はそれをずっと読みたかった
I have wanted to read it
これを1文にしてみましょう
これは[私がずっと読みたかった](その)本です。
って教わり方しますよね。
これをもう少ししっかり考えてみましょう
主節はThis is the bookです。
で、
I have wanted to read itを関係詞節にするにあたって
主節の「本(先行詞)」とカブる「それ(it)」を関係代名詞に直します。ここがポイントです。
で、語順を変えて繋げるから
This is the book which I have wanted to read.となる
ってことは
関係代名詞は、先行詞とまったく同じものを指しているのがわかりますか?
the book(先行詞) = itですよね。
itを関係代名詞に変えたのだから、
the book(先行詞) = which です。
いろんな例文を自分で作って考えればわかりますが
先行詞と関係代名詞は一致する
というルールが
関係代名詞を使うあらゆる文に共通します
前置詞が前にあろうが関係代名詞を使ってれば当てはまります。
本当は関係副詞とかでも似たようなことが言えるのですが、ややこしくなるのでとりあえずやめときます。
今回の文に戻ると
まず語順的に先行詞はspeciesかstudies (of species)のどちらかだろうとわかりますね。
で
先行詞と関係代名詞は一致する
というルールがあるわけだから
whichにspeciesとstudiesと両方入れてみて
語順を戻してみて
内容的に正しかろう方
というふうに判断すればいいのです。
先に説明したとおりで
[ ]を元に戻して
males and females have distinctly different appearances in species
これが内容的に正しかろうから、この解釈でよかろう
と判断できるわけです