かんさん、これは「whichの特殊な用法」の例文です。そしてwhichの後ろは、補語のない不完全な文です。
以下のように考えます。
1. Tokyo is no longer [the city]. 東京は、もはやその都市ではない。
2. It(S Tokyo) was(V) [the city](C) thirty years ago. それ(=東京)は30年前にその都市であった。
→ Tokyo is no longer [the city](先行詞) which it(=Tokyo) was thirty years ago. 東京は、もはや30年前の東京ではない。
= Tokyo is no longer what it was thirty years ago.
参考にしてください。