1. 彼はたった今、昼食を終えたところです。はなぜHe has just finished lunch now.ではなくHe has just finished lunch．なのでしょうか？
→ それは、母語とする人達が現在完了形と"just …now"を一緒に使わないからです。
He has just now finished lunch. であれば、✕にはできないと思います。使用例は少ないですが、実例があります。
例：A. Camden Walker, Washington Post, 18 Mar. 2023
2. Have you cleaned the class room yet . のtheの前にinを入れないのですか？
→ 入れません。それは、cleanが他動詞で、直後に目的語(=名詞・代名詞・動名詞・不定詞の名詞的用法)が来るからです。
Have you(S) cleaned(V) the classroom(O 名詞) yet? もう教室を掃除してしまいましたか？
参考にしてください。
訂正：母語 → 英語を母語