まずget up とwake up の違いは身体がベッドから離れているかどうかです。
get upはベッドから出て起き上がる状態のことで、身体がベッドから離れています。
一方、wake up は単に目が覚めるという状態で、ベッドから起き上がっていないが、目が開いているというときに使います。
次にyouの位置についてです。
基本的に他動詞+副詞のような句動詞と呼ばれる熟語表現では、目的語が代名詞の場合、間に挟むというルールがあります。そのため語順としてwake you up が正しいです。
ミスや不明な点がありましたら気軽に教えて下さい^o^