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itが形式主語で、to be Homo sapiemsがそれを受けています。
isの後ろの補語がwhatとして前に出ています。
whatは統語面（=文構造など、形の面）からいうと
関係代名詞としても疑問詞としても捉えられます。
一般に、関係代名詞のwhatと疑問詞のwhatは
語順の面だけでは判断ができないことが多いです。
意味を考えると、全く同じとは言えなくて
疑問詞は「疑問」ですから
疑念が生じていることがわかる表現と結びつくべきで、
例えばI don't know what〜とか書いてあればwhatはまず疑問詞を疑いますよね。
関係代名詞はそうでなくて良いわけです。
ただし、意味を考えてもどっちか判断しかねるものもありますが。
今回の場合は、
まずlearnの目的語がwhich genes make〜の節で、
このwhichは疑問詞です。
whichの用法のうちここで文法的に正しいのが
疑問詞のwhichしかないので、これは迷いません。
で、
このwhich genes make〜の節を言い換えているのが
the core of what it is to be Homo sapiens
です。言い換えなので、これもlearnに対する目的語の役割をしています。
このwhatは訳から考えると
どっちでも取れるようにも思えるのだけど
たぶん関係代名詞だと思います。
「核心」って言ってるくらいなので
疑念というよりは、言いたいことが明確な感じがするでしょう？
ただし、関係代名詞として訳すと
スムーズな日本語にするのがかなり難しいです。
そこで、文法的には誤りだと思うけど、
あえて疑問詞として訳してみて
まずはどんなことが言いたいのか理解してみましょう
疑問詞としてなら
learn the core of〜「〜の核心を学ぶ」
what it is to be Homo sapiems
「ホモサピエンスである、ということは、何なのか」
itは形式主語で、= to be Homo sapiems
isの後ろの補語がwhatです。
これを参考にしつつ
what関係代名詞として、the core〜から訳してみます。
「ホモサピエンスであるということは〜であるということ、(について)の核心」というのが直訳なので
「ホモサピエンスであるというのはこういうことである、という核心」
「ホモサピエンスであることの核心」
「ホモサピエンスをホモサピエンスたらしめているものの核心」
とかそんな感じになります。
もっといい感じの日本語がたぶんあると思います
