回答させていただきます…!
求めたい未知数(主には小球の速さや高さ、バネの伸び縮み)が式の中に1つだけ含まれている状態であれば、どの2つの場所をイコールで結んでも問題を解くことができます。
ただ、計算ミスを防ぐテクニックとして、左辺と右辺のうち未知数が含まれていない方の辺は、なるべく計算が簡単になる場所を使うのがよいです。
例えば、斜面の途中での力学的エネルギーが分かっている場合、この値を使うと運動エネルギーを持ちながら位置エネルギーも存在することになり、計算が煩雑になります。それに対し、斜面の下(運動エネルギーのみを持ち位置エネルギーは0)か斜面上で静止した場合(位置エネルギーのみをもち運動エネルギーは0)を用いると計算が簡単になります。(いずれも位置エネルギーの基準面を斜面の下としています。)
少しでもお役に立てれば幸いです…!