too many はruffingを修飾しているのでしょうか？ → いいえ、そうではなく、too many feathersはruffling(動名詞)の目的語です。
構文と意味は、以下の通りです。
A team led by scientists from the University of Strasbourg in France has built a rover <that looks like a fluffy penguin chick>, allowing it to senak around Antarctic colonies and get close to individual birds [without(前置詞) ruffling(動名詞) too many feathers along the way].
フランスのストラスブール大学の科学者が率いるチームは、＜ふわふわのペンギンのヒナのように見える＞作業車を製作しました。これにより、[途中であまり多くの羽を逆立てることなく]、南極のコロニーの周りを歩き回り、そして個々の鳥に近づくことができます。
参考にしてください。
