>物体Bには弾性力しか働いていないため物体Bのみで考えても力学的エネルギーが保存されると考えた
物体Bのみに着目すると物体Bには弾性力という外力が働いているので物体Bのみでは力学的エネルギーは保存しないと思います。
>Bとばねのみに注目すると、運動の過程でAから外力が働いていることになり、力学的エネルギー保存の法則は成り立たない
正しいと思います。ですので物体A、B,ばねの系で考えると系に外力が働いていないとみなすことができるのでその系での力学的エネルギー保存則を考えて(3)を解くのだと思います。