よくあることだと思います。
こう言ったら元も子もないかもしれませんけど、所詮違う言語なので、英語を完璧な日本語に直せるなんてことはないと思っておいた方が気が楽です。
間違ったやり方は、
その意味のわからない訳の日本語を、ひねってひねってひねりまくって、無理やり意味のわかる日本語に書き換えることです。単語とか熟語を覚えまくった人がよくやりがちですが、大抵は誤訳の元になります。
比較的ミスの少ない方法は
「意味のわかる日本語になんとか訳そう」とするのではなく
意味のわからない日本語訳もヒントにしつつ、
英文の「内容を説明しよう」としてみることです。
英語は日本語とは違って、語順とかによって、どの部分がどの部分と結びついているかを明確にしています。
主語動詞目的語 とかの語順もそうだし、
この副詞節がここの部分を修飾している とかも、
その並んでいる語順から判断します。
訳もヒントにしながら、そういうことを読み取ることと、
無理に一文の日本語に訳そうとせずに、
要はこういうことを言ってるんだよね？ と説明できればOKと考えることです。
部分ごとに区切れば難しくないのに、一文にしようとするから意味わからなくなる、ということもよくあると思います。
要は英文をできるだけ英文のまま理解できれば、日本語訳が分からなかろうが問題ないよね、ということです。
（頭の中で日本語で考えている以上、完璧にはできませんが）
ということは、日本語訳が分かりにくく書かれてる時は、その英文と語訳から文の意味をかっちりではなく、やんわり言ってる事を理解して、説明出来るくらいになるのがベストなんですかね。
英語以外でも現代文でもそうなのですが、解答の文章のこの助詞、｢ここで｢に｣はおかしくないか？｣みたいな、時々こうゆう事で変に悩んでしまうんですよね、、
いやいや、「一文のスムーズな日本語に直せない」というだけで、文の意味はやんわりじゃなくてかっちり理解できるはずです。多くの場合は。
ただ、日本語と英語は完璧に対応してるわけじゃないから、一文のスムーズな日本語に訳そうとするとうまくいかないことがあるということです。
スムーズな日本語にならないだけで、かっちり理解してれば、「説明」はできますよね。その理解が「なんとなく」というのはダメだと思います。
一文の100%の完璧な日本語には訳せないし、かと言って、英語を100%英語のまま理解するのもネイティブじゃないからできない。
でも、「この英語の一文で言ってることを、何文になむてもどれだけ長くなってもいいから日本語で説明して」って言われたらできる、というのが理想で、
それができないような「やんわりとした理解」はダメってことが言いたいです。
書いたり消したりしてコメント欄汚してごめんなさい。
あとは
特に難しくない日本語で書かれてるのに、意味がわからない、ということであれば単純に国語力不足とかもあるのかもしれませんが、それをtkhsreさんが自分で判断するのは難しいような気がします。
こういうとき困る、っていう実例があれば挙げていただくと、言えることがもっと多くなると思います。