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弥生時代と比べて考えてみましょう。縄文時代は弥生時代と比べてまだ貧富の差が無く、争い自体が少ないです。そのため住民同士の連帯意識が強く、普段から立ち話や会議をするような場所があって、その周りに自然と竪穴住居やテント式住居が建ったと考えるのが自然でしょう。そうなると必然的に人が集まる場所が空洞になりますから、その周りを囲む家々を上からみるとドーナツ型や馬蹄型に見えるのです。となると、その住居に沿って掘られた貝塚も馬蹄型や環状になりますよね。ゴミ箱は家から近い方が便利ですから。
弥生時代は稲作により貧富の差が生まれ、争いが頻発しますから、各家庭は自衛のためにあっちこっち引越ししたりします。そのため住居の位置が点在しているのです。