これだけ正しく構文が取れていて、何がわからないんですか？それが分からないから答えにくいです。
it might not be 〜 that … は強調構文です。
「ひょっとすると」の訳はmightのニュアンスを反映しています。
いまこの部分が not 〜 となっていて、後ろのbutー と呼応しています。〜でなくー です。
thenは、訳すとするならば「そのとき（は）」ですが、ここでは無理して訳す必要はありません。
普通、If節を使われる場合、読者は
If 条件の内容〜, その結論
というような形式になると想定しながら読みます。
この「結論」の部分の頭にthenをおく場合があります。
「もし〜なら、そのときは…」ということですね。
この文では左から順番に読んでいったときに
If this is the case,
ここまでは問題ないのですが、この後
it might not be
というよくわからんitが出てきて、
しかもnotを使った否定文、
mightという確信度のとても低い推量の助動詞
という、「およそ結論としては相応しくない文体」が使われているんです。
だから、読み手としては想定していた表現の形式と違うので、一瞬不安になるんです。
さらに読み進めていけばthatがあってbutがあって、内容的にも理解ができるのですが。
そのためthenを置くことで、「ここからが帰結節・if〜の条件に対する結論の部分ですよ」というのを明確にしているのです。読み手に対するガイドとしてら置いているということです。
thenがなんなのかわかりません