こんばんは。
会計士試験の勉強をして，論文式試験というところまで合格した者です。
① 当期純利益がマイナスの場合、そのままマイナスをつけて計算すれば良い → おっしゃる通りです。会社には損失や赤字というものがあるので、当期純利益率には負の値ということがあります。
② 答えの回答方法は？ → マイナス何%で間違ってはいません。より正確には，答案の指示に沿うべきです。つまり、解答の指示で、負の値には△記号や、( )をつけろとの指示がある場合がありますので、その場合にはその指示通りにする必要があります。
ありがとうございます！
無事、レポート提出出来ました！