どちらでも大丈夫ではありません。
soは、否定形で使う場合、「それほど」「そんなに」と訳しますが、これは、話し手が見ていること、感じていること、誰かが言ったことなど、何かに言及する時に使います。
例えば、
Don’t be so stupid! （なにか相手が馬鹿なことをした/している）
It’s not so bad. （相手が悪いだろうと思っていることを、それほど悪くはないよと言っている）
なので、①Don’t make my coffee so sweet. と言うと、コーヒーを準備している人が砂糖を必要以上に入れているのを見て、あぁ、そんなに砂糖入れないでよ！という意味になりますが、その場合はDon’t put so much sugar in my coffee!と言った方が自然なので（文章を言う時点で話し手はコーヒーの味を感じることができないため）、①の文章が使われることは極めてまれです。（コーヒーを作ると同時にコーヒーの味を感じることのできる奇妙な状況にある場合は別）
したがって、Don’t make my coffee too sweet. は、①の英文とは取り替えられません。
