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基本的には区分と言われれば時代区分（古代・中世などの大区分あるいは縄文時代・弥生時代などの区分）になるかと思いますが、もっと細かく理解していった方がいいと思います。
例えば山川の詳説日本史で言えば、大区分の時代区分があり、各区分の下に章分けされています。この章毎読むというのもありでしょう。
個人的にはもっと細かく、章を更に分けた数字があると思いますが（詳説日本史以外でも大体は同じかと思います）、それ毎に読むのがいいかと思います。
区分で読むと言えばそういうことになるかと思いますけれども、各時代を一つずつ読んだだけでは太刀打ちできない問題が論述問題なんかだと出されます。例えばあるテーマについて2つまたはもっと多くの時代をまたいで比較し、共通事項と異なる事項を答えさせる問題です。
以前に自己紹介に東大志望と書かれていたような気がします（違かったらすみません）。東大でなくとも国立の論述問題に対しては、体系的に理解しておく必要があります。
より一層の理解のためには、「視点」を与えてもらう必要があります。個人的にオススメするのは駿台文庫の日本史の論点です。ただ、これは市販されておらず、学校専売になります。各学校で希望者には販売されるところもあるそうですが、それは学校の先生に尋ねてみないとわかりません。
市販でしたら、考える日本史論述や段階式日本史論述のトレーニングなんかもありますが、これは論述対策を本格化してから挑むべきでしょう。教科書を読む段階ではテーマは絞られてしまうのですが、駿台文庫の日本史講義なんかは良書だと思います。
あとは、論述問題集ではあるのですが、先に伝えた「視点」を与えてもらうという理由から、解かずとも一読して教科書の再読に役立てられるのは山川の日本史論述問題集です。
また、センター対策の本ではありますが、教学社のセンター日本史満点のコツを読むのもいいと思います。駿台の鈴木和裕氏（日本史の論点にも携わっています）の著書ですが、この本の第1章、センター日本史の学習法は何もセンターに限ったものではなく、日本史学習全体の基本となることが書いてあります。
山川の日本史論述問題集もセンター日本史満点のコツも教科書を読む上で大切なのは太字やそれに関することだけでなく、全てを読むということを伝えてくれています。どんな角度で、どんな視点で教科書を読むべきか、先にそれを知っておくと自ずと理解も早くなるかと思います。
すみません、そういうことだったんですね。勘違いしました。
「時代ごとの文化なら文化」ということですが、それは一つの時代毎に文化史は文化史で、外交史は外交史で学び、次の時代に移るという解釈でよろしいでしょうか？それとも、文化史なら文化史で原始から現代まで通してということでしょうか？
どちらにしても一つの方法ではあると思います。ただ、文化史なんかは文化史だけで学ぶことには危険性も伴います。駿台の鈴木和裕氏も画像のようにツイートしてますけど、文化の背景に政治や経済も関わっているため、関連付けしながら学ぶのも大切だと思います。教科書では文化の部分は各時代の最後に来ますけど、それは政治史などを学んだ上で、それを前提に文化史を理解していくためではないかと個人的には思います。
次に、論述の問題集はまだ買わなくていいのではないでしょうか？『考える日本史論述』や『段階式日本史の論述トレーニング』は一通りインプットした後でいいと思います。
下に書いた山川の『日本史論述問題集』は先に書いた通り、「視点」を身につけるために一読してみてはいいのではないかという思いで書かせて頂きました。この本には解説部分に、山川から出版されている教科書2冊に載っている該当箇所の本文を付してあるので、教科書のどういった所を読んだ方がいいのか少しでもわかるのではないかと思いました。
その「視点」についてですが、仰るように色々な角度から見るということでもありますね。あとは先に記したように体系的に学ぶということなんですが、ちょっとそれは次のコメントに移します。
先のコメントの最初で答えたように、文化史は文化史だけで学ぶことには危険性も伴います。それに対して、次の問題のようにあるテーマに沿って集中的に覚えておいた方がいいこともあります。
阪大
古代において日本は中国とさまざまな関係をもった。9・10世紀における日中間の交流について、具体的に述べなさい（200字程度）。
これは外交史及び文化史について9世紀と10世紀にまたがって理解しておかなければなりませんが、外交史は外交史だけ、文化史は文化史だけで学ぶことでも充分に対応できる問題かと思います。
反対に同じ阪大を例にとっても次のような問題もあります。
阪大
日本と宋・元との交渉の実態と、それらが日本社会に与えた影響について述べなさい（200字程度）。
これも一旦、外交史について問われているようなのですが、「日本社会に与えた影響」という所が大切で、①外交史からの文化史、②外交史からの経済史という主に2点について答えていかなければなりません。
この問題のように（国内）政治史、経済史、外交史、文化史を各々関連付けて答えていかなければならない問題に対しては、文化史だけなら文化史だけを集中的に学ぶだけでは解けない可能性があります。
この「関連付け」をどういったところに注目してやっていけば良いのか、何を軸にまとめれば良いのか、その一つの指針を示してくれるのが、先に紹介した『日本史の論点』などのような本になると思います。
また、論述問題集は今はいいのではないかと言いましたが、塾や予備校ですと3月頃には既に論述対策も同時に始めていくかと思います。特に東大ともなると、非常に他とは異なる特徴的な問題なので、先に問題の形式を知っておくことは大事かと思います。
論述対策に関しては、現学研（元東進）の野島博之氏や駿台の塚原哲也氏が自身のブログで解説や学習法などを示していたりするので、そちらを拝見しても良いと思います。
返事が遅くなりました。すみません。
わたしが言いたかったのは後者の方です。
なるほど、デメリットがあるんですね、信頼している先生なので鵜呑みにしてやるところでした。まず文化以外の流れを完璧にしてから背景を踏まえてやることにします。
問題集についても、アドバイスありがとうございます。今は学年末のテストの直前なので、終わってから購入、演習をしようと思ってます。ブログも見てみます。
回答ありがとうございます。
デメリットだけではないですが、初めから文化史を文化史だけというよりは仰るように一度流れを掴んでからの方がいいでしょうね。
文化史なら文化史だけをやるというのもメリットはあると思います。例えば、文化史の中でも古代中世で大きな位置を占める仏教史なんかは、時代による変化をテーマとして辿った方がいいと思います。
勉強頑張ってください。
回答ありがとうございます。すみません、わたしの言い方が悪かったです。先生に言われたのは、時代ごとの、文化なら文化、外交なら外交(？)だけを読むのがいい、と言われました。
ああ、、そうです、、、東大志望です、、、見られてて恥ずかしいです。
論述の問題集について教えていただいてありがとうございます。ちょうど悩んでいたところなので、とても参考になります。
「視点」、というのは、事件などをいろいろな角度から見る、ということでしょうか？あと、まだ授業で全部は学んでいないのですが、もうそのような問題集を買っていいんでしょうか？何度も質問すみません。