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身近な例だと
幼稚園は学校教育法に基づき文部科学省の管轄
保育所は児童福祉法に基づき厚生労働省の管轄
子どもを預けて集団で生活させるための施設としては同じものですが、管轄が違うため保育士と幼稚園教諭で別々の免許が必要など、市民or国民目線で不利益が生じています。
この2つはお互いに協力すべきですが、文部科学省は幼稚園の仕事を厚生労働省に取られる。厚労省は保育園の仕事を文科省に取られると考えて、自らの組織の利益を優先するような仕事をしてしまうなどと言うことみたいです。
(ただし、働く親に代わって子どもを保育する保育園と小学校入学前の子供に勉強などを教育する幼稚園では役割や目的が違うことに注意です)