残念ながら明らかに誤りだと思います。
分詞構文の特徴は、見かけは単なる〜ing形で、それがいろんな意味に解釈できる（必ずしも特定できるとも限らない）という点にあると思います。
ですから、まぁ感じ方は自由かもしれないけど、もし意味を特定させるのならば、見かけは〜ing形なだけですから、部分ごとの意味とか文脈を考える必要があります。
それと今回の場合は
分詞構文のまとまりが
主節 Whales were land mammalsにかかっているのか
その後ろの関係詞節 that had adopted to the ocean over millions of years にかかっているのか
この点も気をつけなくてはいけません。
"見かけ上は"どちらの可能性もありえます。
だからこれも内容をよく考える必要がある
質問者さんは
分詞構文は主節にかかっていて、かつ、理由の意味と考えて
①主節 Whales were land mammals
クジラは陸生の哺乳類である
ので
②gradually losing their four legs
徐々に4本の脚を失っていった
と解釈したんですよね。
でもよく考えてください。
陸生の生き物ならば4本脚は退化しないはずです。
実際のクジラは4本脚はありませんね。
海にいる魚も4本脚はありませんね。
陸上の生き物は、ライオンも像もキリンも犬も猫も4本脚ですね。
陸上だと生活する上で手足が必須なので、突然変異で脚がないやつが生まれても生き残らない。
だから脚が退化した種は陸上にいない。
という感じで考えると
質問者さんの訳は
①と②が理由の関係で結ばれてるのが
明らかにおかしいと思います。
じゃあどう考えればいいかというと
元の英文にかえって、それを左から順番に英語の語順通りに読んでみましょう。
分詞構文より前を先に訳してみると
Whales were land mammals that had adopted to the ocean over millions of years
クジラは何百万年もかけて海に適応してきた陸生の哺乳類である
これはさらに短い最初の部分だけを見ると
Whales were land mammals
クジラは陸生の哺乳類である
っていうと、陸生の哺乳類っていうのはいろんな動物がいますよね。イヌ・ネコ・サル・ウマ…いくらでもいる。
で、その中でも
that had adopted to the ocean over millions of years
何百万年もかけて海に適応してきた
というふうに条件をつけて範囲を限定してるんですね
つまり
「陸生の哺乳類のなかでも、何百万年もかけて海に適応してきたやつ」と言ってる
こういう表現は実は関係詞の基本的な用法の一つです
関係詞の「制限用法」と言います
文法の参考書の関係詞の項目に「制限用法」「非制限用法」って絶対載ってるので確認してみてください
で、ここまでの部分に
gradually losing their four legs
徐々に4本の脚を失っていく
という分詞構文がついているんです。
4本脚を失う というのは、先ほど説明した通り
陸ではなく水の中で生きるようになる
ということです
だから、この分詞構文は
that had adopted to the ocean over millions of years
の部分と結びついてるわかるんです
何百万年もかけて海に適応する
徐々に4本の脚を失っていく（分詞構文）
この結びつきは自然でしょう？
だから
that had adopted to the ocean over millions of years
と
gradually losing their four legs
との関係で
これは理由ですか？結果ですか？
とかなら結構迷うかもしれません
けど質問者さんの解釈は、明らかに誤りです。
（何回も言ってすみません）
何回も、ご質問と訳文を見て思ったのですが、
質問者さんは別に「理由」の用法で解釈したわけではないのですかね？
模範解答は「結果」の用法になってて、質問者さんも「結果」の用法で訳したんだけど
これじゃだめですか？
という質問にも見えてきました。
ただいずれにしても、今回の英文が
Whales were land mammals
クジラは陸生の哺乳類である
という主節に
that had adopted to the ocean over millions of years, gradually losing their four legs
何百万年もかけて海に適応してきて、だんだん4本の脚を失った
という関係詞節がついている
つまり
分詞構文も関係詞節の一部で
分詞構文は主節のWhales were land mammalsにはまったく繋がってない
ということがわかる訳じゃないとだめなんです
クジラは[何百万年もかけて海に適応してきて、だんだん4本の脚を失った]陸生の哺乳類である
とか
クジラは陸生の哺乳類で、そのなかでも[何百万年もかけて海に適応してきて、だんだん4本の脚を失った]ものである
とか