Question

bourbon

I have seldom saw that you pray itのthatは関係代名詞ですか？

Answer 1

こん

そもそもこの英文が間違っているのではないでしょうか。
sawではなくseenですし、seeは知覚動詞ですのでthat節で繋げるとこの文章ではおかしな意味になってしまいます。

「私はあなたがそれを祈っているのを滅多に見たことがない」とするならば、
I have seldom seen you pray it.
とするべきかと思います。

間違っている可能性もあるので自分でも調べてみてください。