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こんにちは。
未然形から順に
「こ・き・く・くる・くれ・こ（こよ）」です。
判別については、要は「活用形を判断しよう」という話になりますので、
「活用形不明の場合は、直後の語から判断」という鉄則に基づいて判別します。
（連体形や已然形ならば「来る」・「来れ」のように送りがながあるので見た目で分かります。）
たとえば、
「来ず」であれば、「来」の直後の語は「ず」（＝打消の助動詞、未然形接続）なので、
「来」は未然形と判断して「こ」と読みます。
「来て」であれば、「来」の直後の語は「て」（＝接続助詞・連用形接続）なので、
「来」は連用形と判断して「き」と読みます。
