(1)は問題文の主語がThe atomic bomb,動詞がwas destroyed,目的語がthe cityで、受動態にする場合目的語と主語を逆にすればいいのでThe city was destroyed by theatomic bomb.になります。
(2)はそのまま日本語にすると私達はこの花をなんと呼んでいますか？となって少しおかしな文になるので、あなた達はこの花をなんと呼んでいますか？にします。
それなので、あなた達はなんと呼んでいますか：what do you call この花を：this flowerを組み立ててその答えになります。
質問されたいこととちぐはぐになってしまっているかも知れませんが、参考になれば嬉しいです。
凄く参考になります！
丁寧にありがとうごさいます