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まず(1)について。
加速度のプラスマイナスは、速度が増加するのか減少するのかを示しています。
速度が増加する方向に変化しているなら、加速度は正。
速度が減少する方向に変化しているなら、加速度は負。
今回の場合では、グラフを見てみると、Aの加速度が1、Bの加速度が-2となっています。
したがって相対加速度の公式を使えば、加速度は-3になります。
問題文にあるように加速度や速度は右方向か正になっていることにも要注意です。
(2)について
どちらを原点にとって問題ないです。ただし今回の問題では、Bの位置をx=0にするのが自然です。
理由を説明します。今回の問題では常に、Aから見たBの相対○○を考えています。
簡単に言ってしまえば、Aの動きを全部Bに加算してしまい、Aが止まっていてBだけが動いているような状況にしているみたいな感じです。
ですから、Aから見た相対○○を使っている以上、動いているものはBだけと考えてもOKなわけです。
物理では動いている物の始めの位置を0にすることが多いので今回の問題では、唯一の動いているもののように見えるBの位置を原点にとっているわけです。
ただし初めにも言った通り、位置の原点はどこに置いても問題ないです。Aのところに原点を置くのであれば、Bの初めの位置は4、衝突する時の位置は-4。結局動く距離は-4になって、式は変わりませんが。
何か分かりにくいところがあったら補足します。頑張ってください。