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端的に言えば、いちばん最初の統一の動きであるドイツ関税同盟の中心がプロイセンだったからです。
以下は蛇足かもしれませんが。
ドイツではナポレオンによって作られたライン同盟がウィーン会議で解体されて、(構成国それぞれに君主がいるので統一国家としての実態はないものの)ドイツ連邦ができました。
1833年にはプロイセン王国を中心にドイツ関税同盟が結成されます。ドイツ連邦ではそれぞれバラバラの経済制度・政策を採っていたので、ドイツ関税同盟の加盟国間では関税をなくして自由に通商を行おうという動きです。プロイセンは飛び地国家でしたから、自国の領土を行き来するのに他国を通らなければいけないのは不便です。この同盟は広がっていき、オーストリアを除くほとんどの邦国が加盟するようになります。経済統一が叶ったわけです。
フランクフルト国民会議でオーストリアを含めない小ドイツ主義が採用され、ドイツ諸国中で最有力だったプロイセンを中心にドイツが統合されることになります。その後ビスマルクの鉄血政策や数々の戦争での勝利によって1871年にドイツ帝国が成立、ドイツ統一となりました。
