「どこから来た」というのはなかなか答えにくいですが、differenceと付随したものと捉えていただければと思います。
differenceが「違い」という意味を持つことはご存知かと思いますが、ではいったい何が違うのか、というのを表すのがin以下なわけです！
ですから、difference in 〜で「〜の違い」といった意味になります。
以下のサイトなどで用例を確認してみると良いでしょう！
https://ejje.weblio.jp/content/difference+in
English
มัธยมปลาย
There is a linguistic difference in how subjects can be expressed in English and japanese.
この文のhow の前のinは、どこから来たものなんですか？
คำตอบ
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