文の構造が分からなくなれば、必ず主語、動詞を整理整頓することを勧めます。
They(S1) settled(V1) (in a town) [(that/which)<省略> they(S2) called(V2) Virginia City(O2)]
彼らは[バージニアシティーと呼ばれる]町に定住した。
※they(S) called(V) the town(IO:間接目的語) Virginia City(DO:直接目的語)<第4文型> 彼らはその町をバージニアシティーと呼んだ
もし was であれば、
They(S1) settled(V1) (in a town) that/which(S2:関係代名詞:主格) was called(V2:受動態) called Virginia City(O2) となり、that/whichは省略できません。
参考にしてください。