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五箇条の御誓文は、戊辰戦争中に出されています。
（1868年3月に五箇条の御誓文、同1~6月に戊辰戦争）
新政府が戊辰戦争を起こした理由は、薩摩・長州以外の外様勢力（東北の外様勢力）を排斥するためです。
東北地方の諸藩は明治新政府に抵抗していなかったようですが、薩摩・長州は江戸末期にこれらの勢力に討幕運動を邪魔された怨念があり、ただの報復戦争であるとされています。
官軍と呼ばれたのは『北海道・東北地方の勢力を排斥し、日本として１つにまとまろうとした』と捉えてください。
