重力加速度が重力由来だからです。
重力はずっと鉛直下向き方向の力ですから、鉛直上向きを正とする座標系では、常に-9.8m/s²となります。
しかし、ある運動について最後まで同じ座標系を用いなければなら無いということはありません。運動方程式が変わるので多少めんどくさいですが、感覚的に分かり易ければ、途中から鉛直下向きを正とする座標系に変えてもいいと思います。
また、分かりにくい理由として、加速度の意味や、速さと速度の違いが分かりにくいことが挙げられます。
加速度は速度がどれだけ変化するかを示したもの。
(v-tグラフの傾きにあたる)
速さは大きさのみ(すなわち常に正)、速度は向きと大きさを持つ量だということも、確認すると良いと思います。
ごめんなさい。まだ運動方程式習ってないんです…。他の考え方はありませんか?